Das Streckennetz der Berliner S-Bahn kann man so wie bei Wikipedia am Besten beschreiben:
Das Netz der Berliner S-Bahn kann in drei verschiedene Bereiche eingeteilt werden. In Ost-West-Richtung durchquert die Stadtbahn die Innenstadt. Sie teilt sich im Westen (Bahnhof Westkreuz) in die Strecken nach Spandau und Potsdam (über Wannsee). Im Osten (Bahnhof Ostkreuz) verzweigt sie sich in die Richtungen Erkner und Strausberg Nord mit weiteren Abzweigen nach Ahrensfelde und Wartenberg.
In Nord-Süd-Richtung verläuft der speziell für den S-Bahn-Verkehr erbaute Nord-Süd-Tunnel. Die Nord-Süd-Strecke schließt in Richtung Norden an die Nordbahn (Richtung Oranienburg) mit den Abzweigen in Richtung Bernau und Hennigsdorf an. Am südlichen Ende führen die Wannseebahn und die Dresdener Bahn (Richtung Blankenfelde) mit dem Abzweig in Richtung Teltow Stadt weiter. Eine Querverbindung zwischen den nach Norden führenden Strecken besteht zwischen Blankenburg und Hohen Neuendorf über denBerliner Außenring.
Die Ringbahn umschließt das Innenstadtgebiet. Von ihr zweigt am Bahnhof Treptower Park die Görlitzer Bahn mit den Strecken nach Königs Wusterhausen, Spindlersfeld und Flughafen Berlin-Schönefeld ab. Sie ist zusätzlich über die Verbindungsbahn Baumschulenweg–Neukölln an die südliche Ringbahn angeschlossen.
Zwischen der Stadtbahn und der Ringbahn besteht eine betriebliche Verbindung über die Südringkurve (Halensee – Charlottenburg). Die Verbindung beider Strecken im Bereich Ostkreuz wurde 2009 für einige Jahre wegen Bauarbeiten gesperrt. Die Ringbahn ist mit den Nord-Süd-Strecken im Bahnhof Gesundbrunnen und über eine Kurve (Schönhauser Allee – Bornholmer Straße) verbunden. Eine Verbindung zwischen den Ost-West- und den Nord-Süd-Strecken besteht im Bahnhof Wannsee.
Das S-Bahn-Netz ist zum größten Teil zweigleisig ausgebaut. Es gibt nur wenige eingleisige Streckenabschnitte, die vor allem in den Außenbereichen zu finden sind. Die Bahnsteige in Birkenwerder an der Nordbahn und Karow an der Stettiner Bahn werden gemeinsam von S-Bahn- und Regionalzügen genutzt. Nur hier besteht elektrischer Gemeinschaftsbetrieb mit wechselspannungsführender Fahrleitung und gleichspannungsführenden Stromschienen. S- und Fernbahnzüge nutzen einen Teil der Gleisanlagen des Bahnhofs Strausberg an der Ostbahn gemeinsam. Auf dem 12,6 Kilometer langen Abschnitt Marienfelde – Blankenfelde der Dresdener Bahn bestehen bis Mahlow keine getrennten Anlagen für S- und Fernbahn, allerdings verkehren dort zusätzlich nur wenige Güterzüge.
Der Bahnhof Wuhletal an der Ostbahn stellt eine Besonderheit im Netz der Berliner S-Bahn dar. Hier halten S- und U-Bahnzüge am gleichen Bahnsteig. Er besitzt zwei parallel zueinander liegende Richtungsbahnsteige, deren äußere Gleise von der S-Bahn genutzt werden. Hierbei wird der eine Bahnsteig von den Berliner Verkehrsbetrieben (BVG), der andere von der S-Bahn Berlin GmbH unterhalten. Lediglich der Bahnhof Konstablerwache in Frankfurt am Main hat eine ähnliche zweiseitige Anlage. An den beiden Bahnhöfen München-Neuperlach Süd und Köln-Chorweiler teilen sich S-Bahn und U-Bahn jeweils einen Bahnsteig.
Die S-Bahn verbindet alle Berliner Fernbahnhöfe sowie den Potsdamer Hauptbahnhof miteinander. Ebenso werden fast alleRegionalbahnhöfe auf Berliner Gebiet (Ausnahmen: Albrechtshof und Staaken) und eine Reihe von Regionalbahnhöfen in Brandenburg von der S-Bahn bedient. Auf 27 Bahnhöfen der S-Bahn ist der Übergang zum zweiten Berliner Schnellbahnsystem, der U-Bahn, möglich.